La Comparsa de Alagoneses se rige por un sistema asambleario de gobierno, en el que la Asamblea General es el órgano superior por el que deben pasar las decisiones más importantes de la entidad. En 2006 se acuerda que de forma ordinaria se convoquen cuatro Asambleas al año: enero, marzo, septiembre y diciembre. Hasta ese año, la convocatoria era mensual, después del almuerzo mensual que continúa realizándose el primer domingo de cada mes, al finalizar la misa de San Blas.

El órgano de gobierno es la Junta Directiva, que se elige (o renueva) cada dos años, y que para el periodo 2010-2012 está compuesta por:

Presidente: Blas M. Mataix Melero

Vicepresidenta: Yolanda Herrero García

Secretaria: Isabel Abellán Compañ

Vice-Secretaria: Ana María Navalón Mínguez

Tesorero: José Luis Navalón Mínguez

Vocales: Celestino Gil Simarro, Inocente González Martí, José Vicente Giménez Herrero, Joaquín Mataix Carrión, Antonio Ortiz Cortés, Joaquín Herrero García, David Gil Rodríguez, Antonio Juan Cañabate, Carlos García Moreno, Rosalía López Vanacloig, Ángel Guzmán Sánchez, Ana Ortega Gallego, Manuel Gil Pérez, Francisco José Gil Peláez, Vicente Vázquez Hernández

Mayordomos: Joaquín Galiano Ortín, David Álvarez Martínez

Censor de cuentas: José Joaquín Chico Reig

El Consejo Asesor de expresidentes es un órgano consultivo, creado para tratar temas de gran relevancia para la Comparsa, homenajes y distinciones, etc. Es convocado cuando la ocasión lo recomiende.